Las operaciones que desarrolla el Seprona son tan extensas como el propio medio ambiente y entre ellas se encuentra la lucha contra el tráfico y el furtivismo internacional de especies protegidas. La mayoría de estas actuaciones policiales derivan en delito penal por tenencia ilícita de especie protegida o alguna de sus partes como el marfil, uno de los materiales más codiciados como materia para la elaboración de complementos. Es una línea de actividad que dirige la Jefatura del Seprona , lo que le ha permitido interceptar cantidad considerable de objetos con fines decorativos. Tal es la magnitud de las prácticas relacionadas con las especies protegidas, que la Unión Europea las sitúa como la cuarta fuente de ingresos en las organizaciones criminales. El Soivre, un servicio de inspección dependiente de la Secretaría de Comercio, es el principal apoyo para identificar las piezas que se intervienen.

En las últimas fechas se han incrementado los requerimientos por maltrato animal, una circunstancia que no se corresponde con un aumento de las agresiones. Des de el Seprona argumentan que es consecuencia de la mayor concienciación que se ha instalado en todas las capas sociales, el aumento de los canales de comunicación, particularmente de las nuevas tecnologías, y la evolución de las investigaciones. En este sentido, tienen capacidad para centralizar todas las incidencias gracias a que ejercen una labor exclusiva, pero no excluyente: "Todos los agentes de la Guardia Civil pueden gestionar las incidencias y en muchos casos las resuelven en un primer momento, de lo contrario actúa el Seprona", subraya. No solo velan por que haya unas condiciones higiénico sanitarias, sino también por su bienestar. Desarrollan, por tanto, una labor pedagógica y educativa, de ahí que participen en charlas de centros educativos.

Los incendios requieren parte destacada de su atención en prevención e investigación de causas. Colaboran como asesoramiento técnico y es en la investigación donde despliegan todo su potencial con los agentes de medio ambiente, que se integran en el Plan Infoca. Son estos últimos quienes se encargan de elaborar los informes porque disponen de más datos técnicos . Un alto porcentaje de los incendios se generan por negligencia de la persona, mientras que la figura del incendiario intencionado es residual. El control de la ordenación del territorio y las construcciones ilegales tampoco quedan exentos del control. De hecho, todavía hay causas abiertas pendientes de ser juzgadas, si bien es cierto que ha disminuido porque la sociedad conoce las consecuencias penales.