La acuicultura ecológica tiene un desarrollo reciente pero en apenas una década ha ido ampliando su potencial y se ha ido consolidando en los mercados. Entre los diversos motivos del auge de esta actividad -otra apuesta del sector pesquero por la diversificación- destacan su adaptación a las demandas del consumidor actual y su respeto al medio ambiente. Los sectores productivos se enfrentan cada día al gran reto de unos mercados globalizados y altamente competitivos, que les obligan a mejorar constantemente la calidad, procurando un desarrollo sostenible, y a innovar para mantenerse y obtener mayor rentabilidad. Esto es lo que está haciendo la acuicultura, una actividad con futuro que en los últimos años ha experimentando un avance considerable en Andalucía, con la puesta en marcha de proyectos innovadores, el desarrollo de técnicas ecológicas y el estudio e investigación para el cultivo de nuevas especies.

La acuicultura ecológica se regula a través de una norma exclusiva comunitaria, que unifica los criterios para la cría de peces, crustáceos, moluscos y también algas en todos los países de la Unión Europea. La normativa comenzará a aplicarse en julio de 2010 y establece unas reglas principalmente relacionadas con la calidad del agua, la reducción del impacto ambiental y el bienestar animal. Para este último propone que se reduzca la densidad de cría para que los peces tengan más espacio y que se les proporcione una alimentación lo más cercana posible a la de su medio natural. Igual que en la agricultura y la ganadería ecológica, está prohibido el uso de pesticidas, fungicidas o herbicidas de síntesis y otros productos sanitarios.