LA iglesia de san Juan Evangelista se levanta en la actualidad sobre los restos de la antigua mezquita mayor siendo el vestigio musulmán más importante en la ciudad de Almería después de la Alcazaba. La mezquita fue eregida en el siglo X por el califa Alhaquem II, pero se ampliará a comienzos del siglo XI hasta tener 7 naves y 70 m. de longitud por 45 de anchura. Conocemos por las crónicas de la época su extraordinaria riqueza y tamaño, pues abarcaba desde el patio central del cuartel contiguo hasta la vecina plaza de san Antón, donde se levantaba el alminar de llamada a la oración.

Tras la conquista de Almería por los Reyes Católicos la mezquita se convertirá en catedral cristiana. Más tarde el terremoto de 1522 la derribaría quedando sólo en pie de la primitiva fábrica el muro de la quibla (fondo de la mezquita) y el mihrab (nicho orientado hacia La Meca, equivalente al altar mayor cristiano). La iglesia que ha llegado hasta nosotros fue construida a principios del siglo XVII por el obispo fray Juan de Portocarrero, aprovechándose los materiales derruidos de la antigua mezquita.

Los muros exteriores son de sillería almohadillada. La portada posee una puerta con arco de medio punto con la rosca (parte superior del arco) y la jamba (laterales de la puerta) almohadilladas. El frontón está decorado con el escudo del obispo Portocarrero. La iglesia presenta una sencilla planta de salón (rectangular) de una sola nave.

El mihrab está situado en el centro del muro de la quibla y es el resto más importante de la antigua mezquita, correspondiendo a la segunda mitad del siglo XII, bajo el dominio almohade. Presenta una planta cuadrada de 1,90 m. de lado, que se convierte en octogonal mediante chaflanes para servir de base a la bóveda gallonada. Se conservan restos de los primitivos arcos polilobulados entrelazados y de la decoración en yeso a base de formas vegetales. La importancia del mihrab almeriense es considerable puesto que es el único almohade que se conserva en España.

Durante los años 1936-1939 el edificio sufrirá grandes bombardeos, perdiendo la techumbre y quedando reducido a los desnudos muros, convertido en un basurero abandonado en pleno casco histórico de la ciudad hasta su restauración y recuperación de nuevo del culto católico en 1979. En 1991 fue restaurado el templo, por iniciativa de la Dirección General de Bienes Culturales de la Consejería de Cultura, recuperándose la quibla y el mihrab de la antigua mezquita y dotando a la iglesia de una nueva cubierta.

La Parroquia, entre otras asociaciones, acoge a la Real e Ilustre Congregación y Hermandad del Santísimo Cristo de la Buena Muerte y Nuestra Señora de las Angustias fundada en 1911 que realiza su procesión de penitencia el Jueves santo y que tiene por titulares al Santísimo Cristo de la Buena Muerte, obra de José María Hervás Benet (1954) y a Nuestra Señora de las Angustias, obra de José Navas Parejo-Pérez (1942).